Trước tiên phải kể ra đây là sự vắng mặt của Đức Huỳnh Phú Sổ, người mà tín đồ xây dựng niềm tin duy nhứt. Niềm tin không còn nữa, thần tượng xa vắng, nên tín đồ chọn người lãnh đạo riêng.
Lại nữa khi còn Ngài, uy thế và thần cách đã giúp Đức Huỳnh Phú Sổ lãnh đạo mà không cần tổ chức chặt chẽ. Nhưng khi Ngài vắng mặt, vấn đề tổ chức lại trở nên hệ trọng. Thật vậy, Tướng Trần Văn Soái dù là Tổng Tư Lịnh quân đội Phật Giáo Hòa Hảo nhưng Tướng Lê Quang Vinh chống đối, về phía tôn giáo, cơ chế đầu tiên tan rã và hầu như vô tổ chức … tín đồ cảm thấy xa dần tôn giáo và không có gì chứng minh họ là tín đồ cả.
Một sai lầm khác của Phật Giáo Hòa Hảo là thế tục hóa vị lãnh đạo qua lề lối tuyển cử, thừa nhận cả hình thức tranh cử, vận động. Người lãnh đạo vì đó mất đi vẻ tôn nghiêm, không đủ tạo uy tín tuyệt đối trong khi đoàn thể chưa quen nguyên tắc : thiểu số phục tùng đa số.
Sự can thiệp của chánh quyền cũng được coi là một nguyên nhân không kém quan trọng tạo sự chia rẻ của Phật Giáo Hòa Hảo. Có thể nói chánh quyền tạo ra và nuôi dưỡng tình trạng hiện tại. Sự can thiệp với phương tiện của chánh quyền vào một tổ chức vừa trưởng thành tùy thuộc vào hậu ý của tác nhân. Từ những năm gần đây, chánh quyền đã công khai hóa việc làm bằng sự công nhận, giúp đở tổ chức, cá nhân nầy mà phai nhạt với tổ chức khác, khiến tạo nên sự nghi kỵ trong nội bộ đoàn thể.
Một
nguyên nhân được coi như gần nhứt để tạo sự khủng hoảng lãnh đạo là tôn giáo bị
chánh trị thế tục xâm nhập mãnh liệt, nhất là lúc chánh trị bị đồng hóa với bổng
lộc, địa vị, uy quyền và thủ đoạn. Từ khi Phật Giáo Hòa Hảo được hệ thống hóa bằng
tổ chức tương đối có qui củ chánh trị lại xâm nhập quá nhiều vào giáo hội đã tạo
nên sự rối loạn cho người lãnh đạo vì không còn giữ được thuần túy một lãnh vực.
Sự chia rẻ năm 1967 không thể phủ nhận vai trò của chánh trị và sự khủng hoảng cuối năm 1971 lại càng thấy rõ lý do chánh trị, quyền lợi. Đồng thời, cũng chính yếu tố chánh trị giúp đắc lực nuôi dưỡng và triển khai tình trạng hiện tại, nhất là có sự tham gia của những người “qui y và ngưởng phục vào giờ thứ 25!”.
Dù có được giải thích thế nào về tình trạng phân hóa, sự chia rẻ thực tế đã làm suy giảm uy thế đoàn thể và làm nản lòng những tín đồ muốn đóng góp cho giáo hội. Đó cũng chính là nguyên nhân và là cái “cớ” để các tín đồ “trí thức” Phật Giáo Hòa Hảo “trùm chăn” mà giữ lấy thái độ tiêu cực nguy hiểm cho sự củng cố và phát triển đoàn thể. (Tác giả sẽ trở lại vấn đề nầy ở Chương Tổng Luận).