Trong xã hội nông nghiệp, tín ngưỡng là một sanh hoạt văn hóa đại chúng, mật thiết với mọi con người. Không một người Việt nào trong thời kỳ đó mà không tin tưởng vào thần quyền.
Tác giả Léopold Cadière nghiên cứu về tín ngưỡng Việt Nam đã viết rằng:
Trong mọi giai tầng xã hội Việt Nam, tín ngưỡng biểu lộ mạnh mẽ và bao trùm cả cuộc sống. Tín ngưỡng thể hiện trọng thể qua các cuộc lễ chánh thức, trong các đền chùa được công nhận, hay thể hiện kín đáo âm thầm dưới gốc cây, trước cục đá. Hoặc bằng kinh cầu nguyện hòa tấu với vở nhạc, hoặc chỉ là lời khấn vái lâm râm trước ngôi miếu nhỏ, để biểu lộ sự cầu xin tự đáy tâm hồn. Người ta quỳ lạy, kính cẩn, trang nghiêm, long trọng, trên đầu đội cái mão vuông, mình khoác áo rộng bằng lụa màu chói, hay người ta đến tham khảo một ông thầy bói mù, một bà đồng cốt, một tay bốc phệ, một nhà sư, một thầy phù thủy, hay một ông tư đoán quẻ xâm tại chùa. Người ta đem hoa thơm dâng cúng Phật, cúng Tam Bảo, và người ta cũng quỳ lạy luôn trước những hình tượng dị thường, cả hình cọp và rắn, người ta khâu miệng xác chết một kẻ dữ, dồn kim vào miệng hay lấy lưới bao trói nó lại. Phép thuật phù thủy với các hình thức man rợ và kỳ quặc, lại được pha trộn vào các hình thức tín ngưỡng rất cao siêu khả kính.
Đạo Phật, đạo Lão cũng thể hiện trên một bối cảnh đa thần, một bối cảnh phức tạp vì có các hình thức tín ngưỡng địa phương pha trộn vào.
Nói chung, tín ngưỡng tại Việt Nam, trên thượng tầng là các tôn giáo, dưới hạ tầng là các hình thức đa thần phức tạp. Đó là bức tranh mà khách hành hương đến thăm vài nếp đền chùa hay một học giả nghiên cứu kỹ lưỡng sách vở cũng đều không thể hiểu được. Chỉ những ai đã thường nhìn thấy tận mắt sinh hoạt thường nhựt của đời sống tín ngưỡng trong dân chúng mới có thể hiểu nổi. (*)
Tình trạng tín ngưỡng tại Việt Nam thời kỳ đó là một tình trạng đa thần đa giáo, theo sự mô tả của nhiều tác giả khác mà ông tham khảo.
P. Souvigné, trong sách Vérités Tonkinoises viết rằng:
Ngoại đạo xứ An Nam là sự hỗn hợp nhiều hình thức thờ phượng khác nhau: thờ cúng Tổ Tiên tại nhà thờ Tổ hay tại gia; thờ cúng Phật tại chùa chiền; thờ cúng Thần linh và ma quỉ đủ loại tại các am miếu trong làng; thờ cúng Tiên Thánh tại các đền phủ; thờ cúng Khổng Tử trong văn miếu hay văn chỉ; thờ cúng Trời Đất tại một gò đống; thờ kính nhà vua đang trị vì trong một dinh thự tại tỉnh lỵ, vân vân... (*)
M. Madrolle trong tập tài liệu hướng dẫn Tonkin du Sud có viết rằng:
Sự nghiên cứu các tổ chức tôn giáo tín ngưỡng An Nam cho biết rằng, cũng giống như tổ chức hành chánh xứ này, tín ngưỡng là một sự pha trộn, hay đúng ra là một sự chồng chất, một sự chung sống của nhiều truyền thống cũ, từ nhiều sắc tộc, với những hệ thống ngoại nhập bị cưỡng dụng bởi thế lực Trung Quốc... Người ta nhận thấy rằng, ngoài Tam giáo Đông phương Phật, Khổng, Lão, phải kể trên hết là đạo thờ Tổ Tiên Ông Bà, và cũng phải thêm đạo thờ Thần linh nữa...
P. Louvet trong phần dẫn nhập cuốn sách Histoire de la Cochinchine religieuse có viết rằng:
Tất cả các đạo giáo và sinh hoạt dị đoan pha trộn với nhau, chồng chất lên nhau, thành một hỗn tạp. Các hình thức mâu thuẫn khó phân biệt đều được mọi người tuân thủ: Nho gia, trí thức, vua chúa, thường chủ trương chỉ làm theo lẽ phải, chỉ tin theo kinh sách của Khổng giáo, mà cũng thực hành đạo Phật, cũng cúng tế Thần linh, và cũng xem bói toán...
Thờ cúng Tổ Tiên Ông Bà thực ra không phải là tôn giáo, vì không giáo lý minh thị, không có giáo điều và Giáo chủ cũng không có tu sĩ giáo phẩm. Người Việt Nam nào cũng thờ phụng Tổ Tiên, ngoài tôn giáo riêng mà mình theo. Đó là để biểu lộ lòng Hiếu, và sự biết ơn các bậc sinh thành đã sinh ra mình, nuôi dưỡng và tác thành cuộc đời mình.
Khía cạnh tín ngưỡng của việc thờ phượng Tổ Tiên bắt nguồn từ quan niệm thờ cúng Thần linh; giữa thế giới hữu hình và vô hình (linh hồn) có một sự liên hệ mật thiết, người chết đi chưa hẳn là cắt đứt liên hệ với con cháu, dù thể xác không còn, nhưng linh hồn vẫn hằng lui tới với gia đình, đồng thời cũng vẫn có một số nhu cầu căn bản như người sống. Cho nên phải thờ cúng để bảo tồn mối liên hệ đó, để dâng cúng những nhu cầu thiết yếu, đồng thời để biểu lộ lòng tri ân và cũng để cầu xin sự phù hộ, ban phước của Tổ Tiên cho con cháu.
Thật ra, thờ phụng Tổ Tiên, theo quan niệm của giới trí thức là biểu lộ sự biết ơn tiền nhân, bảo tồn truyền thống gia tộc và tình thương trong gia đình. Nhưng giới bình dân lại có khuynh hướng mạnh mẽ về việc cầu xin Tổ Tiên ban ân ban phước, chở che cho con cháu, cho nên mang nhiều tín ngưỡng tính hơn. Có điểm khác biệt trong ý nghĩ người dân, là Tổ Tiên chỉ ban ân ban phước cho con cháu, chớ không trừng phạt phá hại con cháu, như các Thần linh vừa ban phước mà cũng vừa trừng phạt, có khi rất nặng nề ghê gớm, như những vụ mà người bình dân gọi là ôn dịch (tức là khi bịnh thời khí xảy ra) âm binh đến từng nhà bắt kẻ tới số hay có tội đem về trừng phạt (chết)...
Léopold Cadière trong quyển Croyances et Pratiques religieuses des Vietnamiens có nhận xét về Tam giáo Đông phương tại Việt Nam như sau:
Đối với Khổng giáo, về mặt triết lý, giới khoa bảng Việt Nam áp dụng học thuyết của Khổng Tử và các môn đồ đã thể hiện chánh thức bên Trung Hoa. Nhưng về mặt tín ngưỡng, hàng năm họ cử hành nghi thức lễ Thánh Khổng và chư môn đồ tại Văn Miếu, hay biểu lộ lòng tôn kính trong sinh hoạt hàng ngày, đó là theo khuynh hướng chung quen thờ cúng Thần linh, thờ cúng những vĩ nhân và thờ cúng Tổ Tiên. Họ tôn thờ Khổng Tử như một siêu nhân, một thiên tài, chớ không phải như một Giáo chủ tôn giáo.
Đối với Lão giáo, triết lý Lão Tử dường như không được nhiều người biết. Về mặt tín ngưỡng, người An Nam thường ngày áp dụng các hình thức phù thủy, dùng bùa phép Thần linh, mà nói đó là nguồn gốc từ đạo Lão... Cho nên có thể nói rằng thờ Thần linh là sanh hoạt tín ngưỡng, thực sự, trong đó gồm cả Khổng Tử, còn về mặt phù thủy bùa phép, thì đó là đạo Lão...
Về Phật giáo thì lại khác hẳn. Không thể xem Phật giáo là một đạo thờ Thần linh như Khổng giáo, cũng không là phù thủy bùa phép như Lão giáo. Phật giáo có giáo lý, có luân lý, có nghi thức thờ phượng riêng, khác hẳn thờ Thần linh. Tuy nhiên, trong thực tế ta hãy theo một người An Nam bình dân đi vào một chùa Phật. Người đó không hiểu biết về đạo Phật, từ nguồn gốc, giáo lý, đến các thời kỳ phát triển của Phật giáo. Người đó nhìn thấy trong chùa có tượng chư Phật và các tượng khác, các vị Bồ Tát như Quan Thế Âm... Rồi người đó đến quỳ lạy trước một bàn thờ Thần linh Lão giáo hay Khổng giáo có đặt trong chùa. Mặc nhiên, người đó hiểu đó là Phật giáo, hay cho rằng Phật giáo Lão giáo và Thần linh cũng là một. Câu chuyện này cũng giống như ở Marseille, tại một ngôi nhà thờ Hy Lạp, một thiếu phụ bình dân ngoan đạo Thiên Chúa vừa mất chồng hay chết đứa con, bà nhìn thấy nhà thờ và cây thánh giá, rồi bà bước vào, quỳ trước một hình tượng mà cầu nguyện. Bà ta đâu có theo đạo Hy Lạp, bà vẫn theo đạo Thiên Chúa, và bà vẫn đến cầu nguyện tại nhà thờ cổ Hy Lạp đó. (*)
Nói chung, xét về tôn giáo tại Việt Nam, các giới cho rằng có ba đạo giáo cổ truyền là Phật giáo, Khổng giáo, và Lão giáo. Sau này thêm Cơ Đốc giáo du nhập thế kỷ 17. Nhưng thực tế phức tạp hơn nhiều, với các khuynh hướng hay tập tục tín ngưỡng còn roi truyền lại trong dân gian từ thời thượng cổ, thể hiện thành các hình thức thờ cúng tế tự hỗn tạp, đến đỗi không còn phân biệt được ranh giới rõ rệt giữa Đạo giáo và Thần giáo, giữa các tôn giáo và các sinh hoạt mê tín dị đoan.
Trong tình huống đó, tôn chỉ cao quý cũng như triết lý cao siêu của Đạo giáo đã không được phổ truyền thành điều ân ích thực sự cho con người và xã hội. Trái lại, sự thạnh hành của các hình thức gọi là mê tín dị đoan, vụ nào hình thức hơn là tinh thần, đã đưa quần chúng bình dân vào trạng thái mê hoặc. Tôn giáo do đó đã bị hiểu lầm và từ đó phát sanh hiện tượng nghịch lý, là chánh đạo bị suy đồi, tà đạo lại phổ biến mạnh mẽ. Hiện tượng này cố nhiên ảnh hưởng trầm trọng đến trình độ tiến hóa của con người và xã hội, đến phong tục và văn hóa của dân tộc.
Tuy nhiên, cũng cần phải nói thêm rằng những nhận xét của các nhà biên khảo ngoại quốc (Tây phương) về tình trạng tín ngưỡng tại Việt Nam, như trích dẫn trên đây, tuy có đúng theo sự kiện bề mặt, nhưng họ không nhìn thấy ý nghĩa văn hóa của nền tín ngưỡng Việt Nam. Lòng biết ơn của con người Việt Nam đối với Tổ Tiên, đối với các vị anh hùng dân tộc, đối với Thần linh như Phúc thần, Tài thần, Thổ thần... là những giới ban ân ích cho con người, thật vô cùng sâu đậm cho nên dễ chuyển thành niềm tin tưởng ngưỡng mộ, trở nên một nền tín ngưỡng dân gian, mà bên ngoài nhìn vào, qua lăng kính hợp lý, cho là mê tín và dị đoan (mê tín: tin mà không hiểu rõ, và dị đoan là tin những điều kỳ dị).
Ưu điểm cần phải đề cập trong nền tín ngưỡng tại Việt Nam là tính chất hòa hợp bao dung, mọi tín ngưỡng hay đạo giáo đều được chấp nhận. Còn như tình trạng mê tín dị đoan, chỉ nên xem là do trình độ nhận thức của dân chúng, trong bối cảnh xã hội truyền thống với khuynh hướng siêu hình phổ cập và mạnh mẽ, là một trạng thái xã hội không phải riêng tại Việt Nam, mà đã hiện diện trong mọi xã hội, cho mọi dân tộc ở một giai đoạn nào đó trong lịch trình tiến hóa.
Trong bất cứ xã hội nào, cũng có thành phần tiến bộ về kiến thức để nhận xét được giá trị đích thực của các tư tưởng đạo học, triết học, tín ngưỡng... nhưng cũng có thành phần chậm tiến hơn thường đi vào tín ngưỡng bằng cảm nhận trực giác, cho nên dễ bị thu hút vào các sinh hoạt tín ngưỡng nặng nề hình thức bề ngoài, mà chính họ cũng không hiểu thấu đáo phần tư tưởng. Họ chỉ có niềm tin tôn giáo và lòng biết ơn những giới đã thi ân bố đức cho họ.
Cho nên vấn đề then chốt là làm sao đáp ứng niềm tin tôn giáo và loại bỏ được các hình thức mê tín dị đoan. Đó chính là chủ trương đường lối hành đạo của Bửu Sơn Kỳ Hương.