Chính nơi đây Đức Phật Thầy giáng thế cứu đời phát phù trị bịnh cho vạn dân bá tánh. Nguyên trước khi Ngài đến thì chỗ này đã có một cái cốc. Cái cốc ấy vốn của ông đạo Kiến lập lên để ở và độ thuốc cứu bịnh cho dân trong làng. Hồi Đức Phật Thầy đến đây thì quang cảnh cái cốc gần như điêu tàn bởi ông đạo Kiến đã hóa ra người thiên cổ. Ngài cho tu bổ lại, trang bị thành một cơ cấu tôn giáo.

Chính ở đây lần đầu tiên Đức Phật Thầy chỉ dạy các nghi tiết thờ phượng lễ bái cùng cách thức tu hành cho môn nhơn đệ tử. Thế cho nên người ta có thể nói tấm trần điều được trương lên nơi ngôi Tam bảo thay thế cho tượng Phật, chính là ở chùa này trước hơn hết. Một khi hiểu được cách thờ phượng ở chùa này, người ta dễ phân biệt chùa nào còn noi theo chơn truyền của Đức Phật Thầy và gia đình Phật tử nào là môn nhơn đệ tử của Ngài.

Khi Đức Phật Thầy bị đòi lên tỉnh An giang, thì cái chùa này cũng chưa có đặt tên. Mãi cho đến năm Bính thìn (1856) trước khi Ngài tịch bảy ngày. Ngài mới chịu cho hiệu chùa ở núi Sam là Tây An tự và đồng thời Ngài cho người xuống Kiến thạnh đặt hiệu cho cái cốc của ông đạo Kiến cũng là Tây An tự. Nhưng muốn phân biệt chùa ở Kiến thạnh với chùa ở Núi Sam cũng đồng một tên Tây An, về sau người ta gọi chùa ở Long kiến là Tây An Cổ tự, bời ngôi chùa nầy lập trước ngôi chùa ở Núi Sam.

Người ta còn nhắc lại rằng: Khi xuống đặt tên chùa ở Long kiến, người được Đức Phật Thầy sai đi có mang theo bốn cây dầu con, đem trồng trước chùa một cây định làm cột phướn, còn ba cây thì trồng ở phía sau chùa.

Cứ theo những người cố cựu trong làng thì khi Đức Phật Thầy từ đình Kiến thạnh dời về cái cốc của ông Kiến, lúc đó đã có ông cai Bồng theo hầu rồi. Khi Đức Phật Thầy lìa khỏi cái cốc này thì việc nhang khói giao lại cho cha con ông cai Bồng truyền nhau săn sóc.

Khi ông cai Bồng qua đời, con ông là ông tám Vẹn nối nghiệp cha mà gìn giữ ngôi chùa. Sau ông Vẹn thì có em rể của ông là ông tám Chữ thay thế; rồi sau ông chữ đến sư Huynh. Và sau chót hết là ông Trần văn Tại.

Năm 1918, cây dầu trồng ở phía trước chùa bị đốn đi để làm cầu và cất trường học, sau một thời gian sống sáu mươi năm, gốc nó lớn hơn một thước. Đến năm Đinh mão (1927) chùa bị phát hỏa làm cho ba cây dầu trồng ở phía sau chùa cùng bị cháy theo nên chết hết.

Sau cơn hỏa hoạn, chùa được dời qua cuộc đất kế cận. Kịp đến khi Đức Huỳnh Giáo chủ ra đời mới cho phép cất sửa lại tại chỗ cũ.

Theo lời các vị bô lão thì khi chùa phát hỏa, có lắm người cảm tử quyết xông vô, giành lại những bửu vật của Đức Phật Thầy để lại mà người coi chùa, trên một thế kỷ thay phiên nhau nâng niu cất giữ. Những bửu vật ấy chẳng chi khác hơn là một cái cơi trong đó đựng một mớ tóc rối của Đức Phật Thầy, một cây quạt lông, ba tàn thuốc lá đã bị mọt ăn lủng lỗ và một quyển kinh. Mặc dầu họ tận tâm cứu chữa, nhưng vô hiệu quả. Ngôi chùa bị cháy rụi không còn sót một vật gì.

Đến năm Nhâm thìn (1952) ông Nguyễn Giác Ngộ cùng anh em đồng đạo các nơi đồng tâm hiệp lực chấn chỉnh trùng tu thành một ngôi chùa rất phong quang, uy nghiêm hùng vĩ như ngày nay. (Xem hình số 1) Lễ khánh thành đã cử hành vào ngày rằm tháng giêng năm Quí tỵ (1953).

Người ta có thể nói ngôi chùa này là cổ nhứt và còn giữ được cách thờ phượng đúng với chơn truyền của Đức Phật Thầy, nghĩa là thờ trần điều, tượng trưng lòng bác ái đối với tất cả chúng sanh.

Trong một phiên giảng ứng khẩu ở chùa này, ông Thanh Sĩ đã có đoạn làm nổi bậc cái đặc trưng chơn truyền ấy, với những câu:

Ai có đến Tây An Cổ tự,

Cũng lấy làm lạ mắt mọi điều;

Sự phượng thờ hay cách biểu nêu,

Đều có chỗ vô vi huyền bí.

Mong ai có để lòng suy nghĩ,

Nhắc người không quên chữ trần điều.

Tuy vật khinh mà giá cao siêu,

Hãy thành kính chớ lời khinh bội.

Ngoài cái đặc trưng vừa kể, Tây An Cổ tự còn một kỳ tích mà bất cứ người thiện tín nào khi viếng chùa cũng đều có lòng chiêm ngưỡng. Đó là cây dầu con ở trước sân chùa mà người ta gọi là cái chồi. (xem hình số 2) Sở dĩ nó được người đời tỏ lòng kính mến là vì nó có một lịch sử rất kỳ đặc.

Từ trước đến nay không ai nghe nói loại dầu chặt sát gốc mà còn đâm chồi nảy tược bao giờ. Thế là cây dầu trồng trước chùa Tây An Cổ tự bị chặt hồi năm Mậu ngũ (1918) đến năm Mậu dần (1938) nghĩa là hai chục năm sau, cái gốc của nó đã mục đâm lên một cái chồi. Ban đầu người ta tưởng là một cây dầu con mới mọc, nhưng đến chừng bươi rễ nó lên mới hay cái gốc dầu trước kia có ba cái rễ, mà hai cái thì đã mục rệu, chỉ còn một cái rễ còn tươi đâm lên một cái chồi.

Kể ra cũng là một việc hy hữu đủ cho người ta quí trọng rồi. Nhưng ở đây, ngoài sự quí trọng, người ta còn sùng ngưỡng nó nữa, bời nó ứng với lời tiên tri của Đức Phật Thầy Tây An, ở câu:

Chừng nào gốc mục lên chồi,

Ta vưng sắc lịnh tái hồi trần gian.